Bereits vor der Julirevolution in Paris stand Stockmar dem demokratischen und liberalen Gedankengut nahe. So schuf er in den späten 1820er-Jahren die «Rauracienne». Das Lied preist die jurassische Heimat und ruft die Bürger zur Einigkeit und zum Kampf für die Freiheit auf. Obwohl es nirgends zur Trennung vom alten Kanton Bern aufruft, wurde es zur Hymne der Separatisten.

Als 1830 auch die Schweiz von der revolutionären Bewegung erfasst wurde, stellte er sich an die Spitze der jurassischen Liberalen. Während dieser Wirren wurde seine Geburtsstadt Pruntrut militärisch besetzt und auf seinen Kopf ein Preisgeld ausgesetzt.

 

Nach dem Sturz der Regierung wurde er in den Verfassungsrat und später in den Grossen Rat gewählt.

Auf Betreiben seines ehemaligen Freundes Charles Neuhaus wurde er 1839 aus dem Regierungsrat, dem er seit 1836 angehörte, ausgeschlossen. Die Beschuldigung lautete, er beabsichtige die Abtrennung des Juras von Bern.

1846 wurde er zum zweiten Mal bernischer Verfassungsrat und im gleichen Jahr auch wieder zum Regierungsrat gewählt.

 

In der Region wurde Stockmar insbesondere auch durch seine führende Rolle im Zusammenhang mit den Jurabahnen bekannt. Unter seinem Vorsitz fasste das «Zentralkomitee für die jurassische Eisenbahn» ein ganzes Netz ins Auge.