1837 zog Funk in den Grossen Rat ein. Von 1844 bis 1846 war er bernischer Landammann (Grossratspräsident) und Obergerichtspräsident. Von seinen radikalen Freunden aus dem Seeland unterstützt, förderte er die Revision der Staatsverfassung. Danach wurde er Regierungspräsident und Nationalrat. In den Jahren 1846 und 1848 war Funk bernischer Regierungspräsident. Weil Bern im Jahr 1848 eidgenössischer Vorort war, fungierte Funk als letzter Tagsatzungspräsident der alten Eidgenossenschaft. In dieser Funktion unterschrieb er am12. September 1848 die neue Bundesverfassung, zusammen mit dem Kanzler der Eidgenossenschaft, Johann Ulrich Schiess. Weil er bald darauf ins Lager der «Schwarzen» (Konservativen) überlief, wurde Funk bei den Nationalratswahlen von 1851 abgewählt. 1862 wurde er Regierungsstatthalter im Amt Nidau und 1870 Bezirksprokurator. 1871 (somit kurz vor seinem Tod) schied er auch aus dem Grossen Rat aus. Funk genoss den Ruf, eine der führenden Persönlichkeiten der Sonderbundszeit zu sein. Hätte er seine politische Linie nicht geändert, wäre er bestimmt auch vom neuen Bundesstaat auf hohe Posten berufen worden.