La décision de construire la maison-tour du Palais des Congrès fut prise assez tard et presque par hasard.  Car au début, le projet sur l'aire de l'ancienne gare engloba deux objectifs dont la réalisation s'était fait attendre depuis longtemps. Déjà en 1942, la Direction des travaux publics avait prévu la construction d'une piscine. Et en 1956, la Sociéte du Théâtre avait déposé une initiative municipale qui demandait la construction d'une salle de concerts et des salles pour les activités des sociétés.

Cette initiative influença le concours d'architecture lancé en 1954 pour la construction d'une piscine couverte et d'un bâtiment administratif dans le quartier de la gare. L'architecte biennois Max Schlup, dont le projet avait été retenu, y intégra ses préoccupations.
Bientôt, Schlup décida de compléter les salles et la piscine par le contruction d'une maison-tour. Les raisons: La régénération de l'eau de la piscine exigeait la construction d'un bassin à la hauteur d'un cinquième étage, et le chauffage avait besoin d'une cheminée industrielle. En outre, on espéra que, contrairement à la piscine et aux salles, une maison-tour allait être rentable.

Le projet définitif engloba une salle de concerts et d'autres salles plus petites, une piscine couverte, un restaurant et une tour administrative. En juillet 1959, il fut accepté par le souverain à une majorité de 55%. Certaines parties du complexe accueillaient leurs premiers occupants en 1965 et en 1966 et, le 28 octobre 1966, une fête à laquelle participaient les chœurs biennois marquait l'inauguration de la salle de concerts à l’intérieur du nouveau Palais des Congrès.
Pour de nombreux observateurs, la faible majorité du scrutin était due aux réserves de la population par rapport à un projet si onéreux. Le fait que des exigences nouvelles, apparues pendant les travaux, et les taux d'inflation élevés de l'époque avaient fait passer les coûts, budgétés à 15,5 millions de francs, à 29 millions, ne contribua guère à atténuer ces doutes.

Durant plusieurs décennies, cet ensemble de bâtiments a pourtant assumé ses fonctions très diverses à la satisfaction de la grande majorité des ses utilisateurs. C'est après plus de trente ans que les traces du temps se faisaient remarquer de manière inexorable, et une rénovation totale s'imposa. Suite au refus du crédit de rénovation de 33 millions de francs lors de la votation populaire du 13 juin 1999, les Biennoises et Biennois ont dit oui, le 21 mai 2000, à un crédit de 22 millions de francs pour l'assainissement du Palais des Congrès.